Если у Вас Windows 2000 и выше, то лучше NTFS (NT файловая система).

Она лучше защищена от сбоев, используя Транзакции. (Транзакция (англ. transaction) — в информатике, группа последовательных операций, которая представляет из себя логическую единицу работы с данными. Транзакция может быть выполнена целиком либо успешно, соблюдая целостность данных и независимо от параллельно идущих других транзакций, либо не выполнена вообще и тогда она не должна произвести никакого эффекта).

   Короче говоря, если программа записывает на диск какие либо данные и по какой либо причине не удалось записать файл целиком (выключили свет, завис компьютер и еще много чего может быть), то ничего не изменяется на жестком диске, особенно это важно если вы изменяете файл после доработки, если программа полностью не перезаписала старый файл, то он, старый файл, останется без изменений. И еще основное преимущество в NTFS для домашнего пользователя, это умение создавать и работать с файлами размером больше 4 Gb. А это нужно при создании образа  DVD диска в Hero, для захвата видео с видеомагнитофона, видеокамеры или TV-тюнера. Но есть одно большое но, раздел с NTFS вы не сможете увидеть, ни под DOS, ни под WIN 98 и WIN ME. Если вдруг понадобится вам сохранить (переписать) нужные файлы с раздела на раздел, при нерабочей ОС, то придется использовать другой компьютер с установленной WIN XP (win 2000 или Vista). Есть сейчас и загрузочная WIN XP с CD, но этот диск есть не у каждого.

   А теперь по пунктам:

Преимущества:

FAT32
1.Низкое требование к объему оперативной памяти.
2.Эффективная работа с файлами средних и малых размеров.
3.Более низкий износ дисков вследствие меньшего количества передвижений головок чтения/записи.
4.Много хороших утилит для дефрагментации (та, что поставляется с Windows к таковым не относится).

NTFS
1. Быстрая скорость доступа к файлам малого размера.
2. Разграничение прав доступа к файлам и шифрование.
3. Поддержка сжатия на уровне ФС.
4. Автоматическое восстановление системы при любых сбоях.
5. Эффективное хранение данных.
6. Высокая производительность при работе с крупными массивами данных и большими каталогами.
7. Размеры кластера могут быть очень маленькими (512 байт).

8. Возможность работы с файлами более 4 гб.

Недостатки

FAT32
1. Низкая защита от сбоев системы (средства оптимизации по скорости привели к появлению слабых по надежности мест).
2. Проблемы с общей организацией данных на дисках большого размера (десятки Гб).
3. Сильное снижение быстродействия при фрагментации.
4. Не поддерживаются маленькие размеры кластеров.
5. Медленная работа с каталогами, содержащими большое количество файлов.

6. Не возможность работы с файлами более 4 гб.


NTFS
1. Более высокие требования к объему оперативной памяти.
2. Невозможность доступа из DOS, Windows 95/98.
3. Система не очень эффективна для малых и простых разделов (до 1 Гб).
4. Алгоритм заполнения кластеров не очень хорош и приводит к фрагментации.
5. Внутренними средствами Windows дефрагментацию произвести практически невозможно.
6. Как следствие, мало нормальных утилит, выполняющих дефрагментацию.

Вывод:
   Преимуществ у FAT32 меньше, чем у NTFS. Недостатков у обоих ФС поровну. У каждой ФС были, есть и будут свои минусы, но для кого-то они попросту являются несущественными. Например, если у вас большой винчестер, то недостаток NTFS под номером 3 вас особо не касается. Если много оперативной памяти (да еще и DDR), то 1-й вам тоже нипочем. В итоге из 5 минусов остается только 3. Поэтому счастливым обладателям мощных ПК однозначно рекомендуется - ставьте NTFS.
   Тем, у кого машина попроще (в любом случае, памяти должно быть не меньше 128 Мб, для ХР - 256 Мб), NTFS можно использовать, когда:

а) за компьютером работает несколько пользователей или он подключен к локальной сети;

б) на диске имеются секретные данные;

в) сохранность информации играет очень важную роль.
Вот, пожалуй, и все. В остальных случаях храните верность FAT32. Следует понимать, что NTFS была создана для работы на серверах и потому предъявляет к знаниям пользователей более высокие требования, нежели FAT32. 

   И на последок, если вы решите ставить NTFS, ставьте ее на чистый диск, то есть именно форматируйте винчестер под эту ФС. Конвертация FAT32 в NTFS приводит к сильной фрагментации данных, что рано или поздно скажется на работе.